因为个人所得税申报的工资是扣除社保后的工资，实际工资是用人单位扣除社保和个人所得税后的工资，所以工资是不同的。根据《工资支付暂行规定》第十五条的规定，用人单位不得扣除职工工资。有下列情形之一的，用人单位可以扣发职工工资：用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴、劳动者个人承担的各项社会保险费用；赡养费和法院判决、命令要求扣留的赡养费；法律、法规规定可以从职工工资中扣除的其他费用。
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拓展资料：
1、《工资支付暂行规定》第六条用人单位应当向劳动者本人支付工资。职工因故不能领取工资的，可由其亲属或者委托他人代领。用人单位可以委托银行代为支付工资。用人单位必须将支付给劳动者工资的数额、时间、领取人的姓名和签名等书面记录，并留存两年以上备查。用人单位支付工资时，应当向劳动者提供个人工资清单。第七条工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，应在最晚的工作日提前付款。工资应至少每月支付一次。如果实行周、日、小时工资制，工资可以按周、日、小时支付。
2、个人所得税APP上的个人工资与实际支付的工资存在较大差异有两种可能。第一：当个人收入高于个人所得税APP的工资时，多为公司“节省”个人所得税支出或“节省”公司承担的职工保险支出。众所周知，个人所得税是按照个人的工资来计算的。月薪超过5000，需缴纳相应的个人所得税。一些企业为了节省这部分税款，少报了工资，这样就会少交或不交个人所得税。还有雇员的社会保障。社保基数根据个人实际工资确定。实际工资越高，社保基数越高，相应的社保金也越高。此时，公司承担的部分会增加，增加公司的支出。为了避免出现这种情况，一些企业还会采用少报工资的方法。
3、当个人收入低于个人所得税APP的工资时，多是公司为了“节省”企业所得税而虚列的工资。公司的企业所得税按公司的利润价值缴纳。利润值越小，缴纳的所得税就越少。当公司没有足够的成本票，而公司的利润值也很大时，就有可能夸大工资，增加公司的成本支出，避免部分所得税。这两种情况都是错误的，也不应该是。无论上述哪种情况，如果您发现自己的实际工资与个人所得税APP中的工资不符，一定要和公司财务人员确定原因，以免给您带来一些不必要的麻烦。个人所得税查询的工资收入与银行卡实际收到的收入存在较大差异。原因可能是它们是税前收入和税后收入之间的差异。个人所得税查询的工资收入通常包括五险一金，即税前工资；但是实际收到的工资收入需要扣除五险一金和个人所得税，也就是税后工资，所以两者的金额会有很大的不同。
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工资和个税申报有差异，以哪个数据是正确的为准，对另外一个数据做相应调整。比如账面工资正确而少申报了个人所得税，需要做个人所得税的更正申报。比如是申报的数据正确账面多做了工资，就需要做冲销计提工资分录。
以个税申报系统的金额为准。
1.当工资表的个税金额比个税申报系统里的个税金额大的时候，多扣的这部分，在下个月补给相关员工即可。
2.当工资表中的个税金额比个税申报系统里个税的金额小，在下次发工资的时候，将少扣的个税从相关的员工工资里代扣回来就行了。
