在充分肯定过去十年我国电子政务发展取得巨大成就的同时，我们也应清晰地看到电子政务建设和发展中存在的问题。这些问题，反映在多个方面，但集中起来看，主要有“三难”，即资源共享难、互联互通难、业务协同难。具体来说：
一是前十年我国电子政务建设主要集中在办公自动化和提高政府部门工作效率方面，面向公共服务和改善民生方面的建设重视不够，应用系统也相对较少。
二是网络建设不规范，系统分割，孤岛严重。目前我们有政务内网、政务外网，还存在大量的政务专网。这些专网各自为政，相互封闭。有关方面对中央部委的38个部门的政务专网进行过调查，发现38个部门共建设了80多个政务专网，有的部委甚至司到司、处到处都有专网。而国家花了很多钱构建的政务外网上，却没有多少内容。目前全国32个省级单元都建设了外网：333个地级市，有283个构建了外网，占84.7%；县级2858个单元，有1500个已经构建了外网，占52%。这里暴露出的问题是，市以下应重点构建外网，但实际上许多市县的内网有明显扩大化的倾向，但外网建设却相对落后，重视不够。三是信息共享、业务协同差。中央的38个部门的80多个政务专网中，横向交互率只有0.1%，基本上都是信息孤岛。四是重建设，轻应用。前10年建设的网络资源应用率很低，大部分被闲置。据发改委的调查，过去十年建设起来的各种网络资源，使用率只有5%。五是信息安全不容乐观。网络失密竟然占失密案件总数的70%。由于公务员的行为不当，网络成为最主要的失密渠道。六是电子政务的各种应用系统建设中，国产化率很低，多数都使用外国产品，中国的电子政务培植了许多强大的国外IT企业，而我国如此大的电子政务需求，并没有培植起有影响力的民族品牌企业。
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