Linux 脚本编写基础1 语法基本介绍1 开头程序必须以下面的行开始(必须方在文件的第一行)：#！/bin/sh符号#！用来告诉系统它后面的参数是用来执行该文件的程序。在这个例子中我们使用/bin/sh来执行程序。
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沿着前面的轨迹，接下来是Linux中shell脚本的学习。这对于生信工程师后续处理大量 (海量更合适些) 数据是非常非常重要的，但是同样的，作为一个有点古板的人，对于脚本是什么意思我都死磕了好久。
此外，要注意 Linux 系统中的命令、参数、对象都是 严格区分大小写 的。Shell 除了是一个 交互式 （Interactive）的命令解释器，它还是一种 程序设计语言 （Shell Script）。
而这些所谓的‘命令’统统都在bin或是sbin的目录下面。linux在用户登录以后，自行会启动一个shell，所有用户必须通过shell才能与系统会话。
在shell脚本中可以使用三类命令：1)Unix命令：虽然在shell脚本中可以使用任意的unix命令，但是还是由一些相对更常用的命令。这些命令通常是用来进行文件和文字操作的。
方法一：准备好定时启动的脚本auto.py 用root权限编辑以下文件 在文件末尾添加以下命令 以上代码的意思是每隔两分钟执行一次脚本并打印日志。
Shell 编程跟 JavaScript、php 编程一样，只要有一个能编写代码的文本编辑器和一个能解释执行的脚本解释器就可以了。
Bash 是唯一被允许使用的可执行脚本shell。可执行文件必须以 #！/bin/bash 开始。
登录CentOS7系统，打开终端，输入命令env shell打印出shell进程的环境变量。本地变量只存在当前shell进程。新建一个本地变量MYVAR=myvalue注意等号两边不能有空格。
在shell脚本中可以使用三类命令： 1)Unix 命令： 虽然在shell脚本中可以使用任意的unix命令，但是还是由一些相对更常用的命令。这些命令通常是用来进行文件和文字操作的。
图 1 是 Linux 系统层次结构图，Shell 接收用户输入的命令，并把用户的命令从类似 abed 的 ASCII 码解释为类似 0101 的机器语言，然后把命令提交到系统内核处理；当内核处理完毕之后，把处理结果再通过 Shell 返回给用户。
shell脚本中判断上一个命令是否执行成功shell中使用符号“$？”来显示上一条命令执行的返回值，如果为0则代表执行成功，其他表示失败。结合if-else语句实现判断上一个命令是否执行成功。
局部变量在脚本或命令中定义，仅在当前shell实例中有效，其他shell启动的程序不能访问局部变量。 2) 环境变量 所有的程序，包括shell启动的程序，都能访问环境变量，有些程序需要环境变量来保证其正常运行。
登录CentOS7系统，打开终端，输入命令env shell打印出shell进程的环境变量。本地变量只存在当前shell进程。新建一个本地变量MYVAR=myvalue注意等号两边不能有空格。
确保.sh文件具有执行权限：在终端中，使用ls-l命令查看文件权限。如果.sh文件没有执行权限，可以使用chmod +x filename.sh命令为文件添加执行权限。其中，filename.sh是要运行的脚本文件名。
ln是linux中又一个非常重要命令，它的功能是为某一个文件在另外一个位置建立一个同不的链接，这个命令最常用的参数是-s，具体用法是：ln –s 源文件 目标文件。
连接上相应的linux主机，进入到等待输入shell指令的linux命令行状态下。在linux命令行下输入shell指令：vi test.shell。最后，按下回车键执行shell指令，此时发现用vi命令成功进入了shell编程模式中。
编写shell脚本 首先你要有Linux命令的基础，怎么进入文件，怎么执行文件，有什么命令等等。我们的shell 类型有很多，常见的shell环境有sh，bash，csh，zsh等等。在Linux的脚本中可以最常见的就是 sh或者shell。
