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单纯的.gz文件解压,这种文件不可以使用tar命令解压,需要用gunzip解压,使用命令gzip
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解压:gzip -b pythontab.gz
但是注意:gzip貌似不能够设置解压到指定目录,只能解压到当前目录。
解压单纯的.gz文件方法二:
使用zcat命令,然后把标准输出 保存到文件即可。
例如:
zcat pythontab.gz pythontab.py
当然这个解决了解压到指定目录的需求。
zcat pythontab.gz /home/test/aa/pythontab.py
以上就是linux下.tar.gz和.gz文件解压
用zcat命令和bzcat命令来读取压缩包内容。
如果后缀名为.gz的
就用zcat
如果后缀名为.bz2的,就用bzcat
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
cat是用于查看普通文件的。zcat 是用于查看压缩的文件?单个磁盘的容量现在已经超过了 1TB,但是大型数据文件、日志文件、图像以及电影等媒体文件很快就把磁盘装满了。为了节省空间,可以把许多文件压缩到原大小的几分之一。例如,Apache 日志文件(是简单的文本)可以压缩到原大小的十分之一。?尽管压缩可以节省磁盘空间,但是也会增加工作量。例如,如果需要分析压缩的 Apache 日志文件,就必须解压它,处理数据,然后重新压缩它。如果有大量日志文件(如果保留分析趋势所需的记录,这种情况很常见),那么开销会非常大。?幸运的是,gzip 套件包含许多可以 “在原地” 处理压缩文件的实用程序。zcat、zgrep、zless、zdiff 等实用程序的作用分别与 cat、grep、less 和 diff 相同,但是它们操作压缩的文件。想了解更多Linux命令,另外你是感兴趣的话可以看下刘遄老师写的《Linux就该这么学》作为入门的书籍,觉得不错的话采纳下哦~