不需要对源代码混淆。class有这种功能的，在J2ME中混淆是必须的，结果跟你说的一样，不过原理不是你那么走的，混淆以后的class反编译也会让人看不懂，全部变成了a,b,c,d这样的名字。
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一、java web项目混淆
proguard4.8工具，说是支持war的，可混淆过后少了classes目录了，自然成功不了。网上搜的过程不详说了，最后找着－－“J2EE-web工程ProGuard代码混淆07_28”，网址：
根据提示一步步完成。
把web项目打成jar包后用proguard进行混淆，然后把混淆过后的class目录替换发布包war中的对应目录，启动运行是正常的。
主要注意利用proguard生成xxx.pro文件，然后手动加工-keep class WebRoot.WEB-INFO.lib.* 等项目中不需要混淆的包和类。
二、java web项目打成.exe
没找到免费的，这搜到个收费的－－Jinstall，试了下功能挺好，
可以加密、集成jdk、tomcat，如果数据库是mysql也集成，其他数据库的话要设置数据库的url.
Jocky的下载和配置
OperaMasks上的下载链接已经失效，请移步CSDN自行搜索下载
1、下载完成后解压得到名为org.apusic.jocky_1.0.3的文件夹，把这个文件夹放到eclipse根目录的plugins文件夹下(myeclipse和eclipse同理)。
2、重启eclipse，右键一个工程文件，出现Jocky选项说明OK。
3、一般是先进行设置-Jocky Settings，然后进行Jocky Now!。以下是settings界面
Enable Jocky多选框选中
Jocky build file是在项目创建一个xml文件，根据里面的配置进行混淆
Scramble level是进行混淆的代码等级，有none、private、package、protected、public、all，将根据设置对java文件中的相应修饰符修饰的方法代码进行混淆
Target VM是java虚拟机的版本，有1.4和1.5，一般选择1.5
Output directory是输出文件夹，在项目根目录下
点击确认会自动根据项目的设置生成xml文件
4、jocky_build.xml，实际上是一个ant build文件，由系统自动生成，有几处需要说明
pathelement location="bin"/ pathelement location="XXX.jar"/这类标签代表项目编译所需的jar包，由于是自动生成一般不用理睬，如果出现找不到相关的package之类的报错，那么有可能是location路径有问题。如果你安装系统时是用户名设置成了中文名，并且使用了maven，maven的jar包的下载路径设置成了默认${user}/.m2/repository/，那么jocky这里的路径会出现问题，中文名的用户名会乱码或者消失，请修改maven配置xml文件修改下载路径localRepository[自己指定的路径]/localRepository 。
javac destdir="${jocky.output.dir}/bin" target="${target}" encoding="UTF-8" 代码中如果有中文名，必须手动设定编码，默认是没有的。
src path="src"/ 设定源文件的目录，因为有时候我们只想输出src目录下的部分包而不是全部。
一般走代码混淆就是为了保护源代码，让别人不至于通过反编译轻易的获得源代码
