find 命令的基本结构如下：
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find 命令手册 ： man find
find 命令中的 -name 选项可以根据文件名称进行检索（ 区分大小写 ）。如需要忽略文件名中的大小写，可以使用 -iname 选项。
-name 和 -iname 两个选项都支持 wildcards 。如：
例1：查找 /usr 目录下所有文件名以 .txt 结尾的文件
例2：查找 /usr 目录下所有文件名刚好为 4 个字符的文件
例3：查以大写字母开头的文件
例4：查以两个小写字母和两个数字开头的txt文件
类似的还有：
-lname -ilname
-path -ipath
-regx -iregx
有些时候，你需要在搜索时匹配某个文件或目录的 完整路径 ，而不仅仅是匹配文件名。可以使用 -path 或 -ipath 选项。
例1：如查找 /usr 下所有文件名以 .txt 结尾的文件或目录，且该文件的父目录必须是 src 。可以使用以下命令：
例2：在当前目录除aa之外的子目录内搜索 txt文件
例3：在当前目录，不再子目录中，查找txt文件
如果只想搜索得到文件 或 目录，即不想它们同时出现在结果中。可以使用 -type 选项指定文件类型。
-type 选项最常用的参数如下：
例：检索 /usr 下所有文件名以 python 开头的目录
find 命令支持 -empty 选项用来检索 为空 的文件或目录。空文件即文件里没有任何内容，空目录即目录中没有任何文件或子目录。
例：检索用户主目录下所有的空目录
find 命令也允许用户对当前的匹配条件进行 “反义” （类似于 逻辑非 操作）。
如需要检索 /usr 下所有文件名 不 以 .txt 为后缀的文件。可以使用以下命令：
也可以“翻转”任何其他的筛选条件，如：检索 /usr 下所有内容不为空的文件
为了检索归属于特定用户的文件或目录，可以使用 -user 选项。
例：检索根目录下所有属主为 starky 的文件
类似于 -user 选项， -group 选项则可以根据文件或目录的 属组 进行检索。
有些时候，需要根据文件创建或修改的时间进行检索。
Linux 系统中，与文件相关联的时间参数有以下三种：
与此对应的是 find 命令中的 -mtime ， -atime 和 -ctime 三个选项。
这三个选项的使用遵循以下示例中的规则：
检索 /usr 下两天前被修改过的文件
如果觉得 -mtime 等选项以 天 为单位时间有点长，还可以使用 -mmin ， -amin ， -cmin 三个选项。
查找比 aa.txt 新 的文件
查找比 aa.txt 旧 的文件
查找比aa.txt新，比bb.txt旧的文件
-size 选项允许用户通过文件大小进行搜索（只适用于文件，目录没有大小……）。
表示文件大小的单位由以下字符组成：
另外，还可以使用 + 或 - 符号表示 大于 或 小于 当前条件。
检索文件大小高于 1 GB 的文件
find 命令可以使用 -perm 选项以文件权限为依据进行搜索。
9.1使用符号形式
例1：如需要检索 /usr 目录下权限为 rwxr-xr-x 的文件，可以使用以下命令：
例2：搜索 /usr 目录下所有权限为 r-xr-xr-x （即系统中的所有用户都只有读写权限）的文件和目录，可以使用以下命令：
很多时候，我们只想匹配文件权限的一个 子集 。比如，检索可以直接被任何用户执行的文件，即只关心文件的执行权限，而不用管其读写权限是什么。
上述的需求可以通过以下命令实现：
其中 a=x 前面的 / 符号即用来表示只匹配权限的某个子集（执行权限），而不用关心其他权限的具体设置。
9.2使用数字形式
例如：搜索 /usr 目录下权限为 644 （即 rwxr-xr-x ）的文件
find 命令默认是以 递归 的方式检索项目的，这有时候会导致得到的结果数量非常巨大。可以使用 -maxdepth 限制 find 命令递归的层数。
例如：搜索时向下递归的层数最大为 3
在之前的例子中有出现多个搜索条件的 组合 以及对某个搜索条件的 反转 。
实际上 find 命令支持 “and” 和 “or” 两种逻辑运算，对应的命令选项分别是 -a 和 -o 。通过这两个选项可以对搜索条件进行更复杂的组合。
此外还可以使用 小括号 对搜索条件进行 分组 。注意 find 命令中的小括号常需要用 单引号 包裹起来。因小括号在 Shell 中有特殊的含义。
如检索 /usr 下文件名以 python 开头且类型为目录的文件
该命令等同于：
更复杂的组合形式如：
例4：在除dir0及子目录以外的目录下查找txt后缀文件
说明：-a 应该是and的缩写，意思是逻辑运算符‘与’(); -o应该是or的缩写,意思是逻辑运算符‘或’(||), -not 表示非.
命令行的意思是：如果目录dir0存在（即-a左边为真），则求-prune的值，-prune 返回真，‘与’逻辑表达式为真（即-path './dir0*' -a -prune 为真），find命令将在除这个目录以外的目录下查找txt后缀文件并打印出来；如果目录dir0不存在（即-a左边为假），则不求值-prune ，‘与’逻辑表达式为假，则在当前目录下查找所有txt后缀文件。
-delete 选项可以用来删除搜索到的文件和目录。
例如：删除 home 目录下所有的空目录：
-exec 选项可以对搜索到的结果执行执行该参数所给出的shell命令。形式为 command {} \; ，注意{}与\;之间有空格 。每当 find 命令检索到一个符合条件的文件，会使用其完整路径取代命令中的 {} ，然后执行 -exec 后面的命令一次。
例1：如需要将 home 目录下所有的 MP3 音频文件复制到移动存储设备（假设路径是 /media/MyDrive ），可使用下面的命令：
其中的 大括号 （ {} ）作为检索到的文件的 占位符 ，而分号（ ; ）作为命令结束的标志。因为分号是 Shell 中有特殊含义的符号，所以需要使用单引号括起来或前面加上转义符 \ 。
例2：查看当前目录下的所有普通文件，并在 - exec 选项中使用 ls -l 命令将它们列出
例3：在多个文件中检索某个指定的字符串。如在用户主目录下的所有文件中检索字符串 hello ，可以使用如下命令：
创建 Gzip 格式的压缩文件的命令为：
现在假设需要将用户主目录下所有的 MP3 文件添加到压缩包 music.tar.gz 中，直观的感觉是，其命令应为如下形式：
实际情况是，这样得到的 music.tar.gz 其实只包含一个 MP3 文件。原因是 find 命令 每次 发现一个音频文件，都会再执行一次 -exec 选项后面的压缩命令。导致先前生成的压缩包被覆盖。
可以先让 find 命令检索出所有符合条件的音频文件，再将得到的 文件列表 传递给后面的压缩命令。完整的命令如下：
如果想浏览搜索到的文件（目录）的详细信息（如权限和大小等），可以直接使用 -ls 选项。
例如：浏览所有 1G 以上大小的文件的详细信息
与exec作用相同，区别在于，在执行命令之前，都会给出提示，让用户确认是否执行
与 exec 作用相同 ，起承接作用。区别在于 |xargs 主要用于承接删除操作 ，而 -exec 都可用 如复制、移动、重命名等
例1：查找以ap或may开头的文件
例2：查硬连接数大于2的文件或目录
例3：查找含特定字符串的文件。查找当前目录下含有"the string you want find…"字符串的文件：
例4：从根目录开始查tmpfile，一旦查到马上删除
例5：如何用find查找某一天更改的文件？可以使用这一行命令来实现：
A Guide to the Linux “Find” Command
当一个命令不想被执行的时候，前面加一个#就行了
如果被用在指令中，或者被双引号括住的话，或者在双斜线后面，不具备以上功能
代表使用者的home目录
在 shell 中，担任"连续指令"功能的符号就是"分号"。譬如以下的例子：cd ~/backup ; mkdir startup ;cp ~/.* startup/.
专用在 case 的选项，担任 Terminator 的角色。
case "$fop" inhelp) echo "Usage: Command -help -version filename";;version) echo "version 0.1" ;;esac
在 shell 中，使用者应该都清楚，一个 dot 代表当前目录，两个 dot 代表上层目录。
CDPATH=.:~:/home:/home/web:/var:/usr/local
在上行 CDPATH 的设定中，等号后的 dot 代表的就是当前目录的意思。
如果档案名称以 dot 开头，该档案就属特殊档案，用 ls 指令必须加上 -a 选项才会显示。除此之外，在 regularexpression 中，一个 dot 代表匹配一个字元。
被单引号用括住的内容，将被视为单一字串。在引号内的代表变数的 符号，没有作用，也就是说，他被视为一般符号处理，防止任何变量替换。 heyyou=homeecho ' heyyou' # We get $heyyou
被双引号用括住的内容，将被视为单一字串。它防止通配符扩展，但允许变量扩展。这点与单引数的处理方式不同。
heyyou=homeecho "$heyyou" # We get home
在前面的单双引号，括住的是字串，但如果该字串是一列命令列，会怎样？答案是不会执行。要处理这种情况，我们得用倒单引号来做。
fdv=`date +%F`echo "Today $fdv"
在倒引号内的 date +%F 会被视为指令，执行的结果会带入 fdv 变数中。
这个符号常运用在运算当中当做"区隔"用途。如下例
#!/bin/bashlet "t1 = ((a = 5 + 3, b = 7 - 1, c = 15 / 3))"echo "t1= t1, a = a, b = $b"
在路径表示时，代表目录。
cd /etc/rc.dcd ../..cd /
通常单一的 / 代表 root 根目录的意思；在四则运算中，代表除法的符号。
let "num1 = ((a = 10 / 2, b = 25 / 5))"
在交互模式下的escape 字元，有几个作用；放在指令前，有取消 aliases的作用；放在特殊符号前，则该特殊符号的作用消失；放在指令的最末端，表示指令连接下一行。
# type rmrm is aliased to `rm -i'# \rm ./*.log
上例，我在 rm 指令前加上 escape 字元，作用是暂时取消别名的功能，将 rm 指令还原。
# bkdir=/home# echo "Backup dir, $bkdir = bkdir"Backup dir, bkdir = /home
上例 echo 内的 $bkdir，escape 将 变数的功能取消了，因此，会输出 bkdir，而第二个 $bkdir则会输出变数的内容 /home。
pipeline 是 UNIX 系统，基础且重要的观念。连结上个指令的标准输出，做为下个指令的标准输入。
who | wc -l
善用这个观念，对精简 script 有相当的帮助。
通常它代表反逻辑的作用，譬如条件侦测中，用 != 来代表"不等于"
if [ "$?" != 0 ]thenecho "Executes error"exit 1fi
在规则表达式中她担任 "反逻辑" 的角色
ls a[!0-9]
上例，代表显示除了a0, a1 .... a9 这几个文件的其他文件。
在 bash 中，这是一个内建指令："什么事都不干"，但返回状态值 0。
:
echo $? # 回应为 0
: f.
上面这一行，相当于cat/dev/nullf.
。不仅写法简短了，而且执行效率也好上许多。
有时，也会出现以下这类的用法
: ${HOSTNAME?} ${USER?} ${MAIL?}
这行的作用是，检查这些环境变数是否已设置，没有设置的将会以标准错误显示错误讯息。像这种检查如果使用类似 test 或 if这类的做法，基本上也可以处理，但都比不上上例的简洁与效率。
除了上述之外，还有一个地方必须使用冒号
PATH=$PATH:$HOME/fbin:$HOME/fperl:/usr/local/mozilla
在使用者自己的HOME 目录下的 .bash_profile或任何功能相似的档案中，设定关于"路径"的场合中，我们都使用冒号，来做区隔。
在文件名扩展(Filename expansion)上扮演的角色是匹配一个任意的字元，但不包含 null 字元。
# ls a?a1
善用她的特点，可以做比较精确的档名匹配。
相当常用的符号。在文件名扩展(Filename expansion)上，她用来代表任何字元，包含 null 字元。
# ls a a a1 access_log
在运算时，它则代表 "乘法"。
let "fmult=2 3"
除了内建指令 let，还有一个关于运算的指令expr，星号在这里也担任"乘法"的角色。不过在使用上得小心，他的前面必须加上escape 字元。
两个星号在运算时代表 "次方" 的意思。
let "sus=2**3"echo "sus = $sus" # sus = 8
变量替换(Variable Substitution)的代表符号。
vrs=123echo "vrs = $vrs" # vrs = 123
另外，在 Regular Expressions 里被定义为 "行" 的最末端 (end-of-line)。这个常用在grep、sed、awk 以及 vim(vi) 当中。
${} 变量的正规表达式
bash 对 ${} 定义了不少用法。以下是取自线上说明的表列
${parameter:-word} ${parameter:=word} ${parameter:?word} ${parameter:+word} ${parameter:offset} ${parameter:offset:length} ${!prefix*} ${#parameter} ${parameter#word} ${parameter##word} ${parameter%word} ${parameter%%word} ${parameter/pattern/string} ${parameter//pattern/string}
$* 引用script的执行引用变量，引用参数的算法与一般指令相同，指令本身为0，其后为1，然后依此类推。引用变量的代表方式如下：
$0, $1, $2, $3, $4, $5, $6, $7, $8, $9, ${10}, ${11}.....
个位数的，可直接使用数字，但两位数以上，则必须使用 {} 符号来括住。
$* 则是代表所有引用变量的符号。使用时，得视情况加上双引号。
echo "$*"
还有一个与 $* 具有相同作用的符号，但效用与处理方式略为不同的符号。
$@ 与 $* 具有相同作用的符号，不过她们两者有一个不同点。
符号 $* 将所有的引用变量视为一个整体。但符号 $@ 则仍旧保留每个引用变量的区段观念。
这也是与引用变量相关的符号，她的作用是告诉你，引用变量的总数量是多少。
echo "$#"
一般来说，UNIX(linux) 系统的进程以执行系统调用exit()来结束的。这个回传值就是status值。回传给父进程，用来检查子进程的执行状态。
一般指令程序倘若执行成功，其回传值为 0；失败为 1。
tar cvfz dfbackup.tar.gz /home/user /dev/nullecho"$?"
由于进程的ID是唯一的，所以在同一个时间，不可能有重复性的PID。有时，script会需要产生临时文件，用来存放必要的资料。而此script亦有可能在同一时间被使用者们使用。在这种情况下，固定文件名在写法上就显的不可靠。唯有产生动态文件名，才能符合需要。符号
或许可以符合这种需求。它代表当前shell 的 PID。
echo "$HOSTNAME, $USER, $MAIL" ftmp.$$
使用它来作为文件名的一部份，可以避免在同一时间，产生相同文件名的覆盖现象。
ps: 基本上，系统会回收执行完毕的 PID，然后再次依需要分配使用。所以 script 即使临时文件是使用动态档名的写法，如果script 执行完毕后仍不加以清除，会产生其他问题。
( ) 指令群组 (command group)
用括号将一串连续指令括起来，这种用法对 shell 来说，称为指令群组。如下面的例子：(cd ~ ; vcgh=`pwd` ;echo $vcgh)，指令群组有一个特性，shell会以产生 subshell来执行这组指令。因此，在其中所定义的变数，仅作用于指令群组本身。我们来看个例子
# cat ftmp-01#!/bin/basha=fsh(a=incg ; echo -e "\n $a \n")echo $a#./ftmp-01incgfsh
除了上述的指令群组，括号也用在 array 变数的定义上；另外也应用在其他可能需要加上escape字元才能使用的场合，如运算式。
这组符号的作用与 let 指令相似，用在算数运算上，是 bash 的内建功能。所以，在执行效率上会比使用 let指令要好许多。
#!/bin/bash(( a = 10 ))echo -e "inital value, a = $a\n"(( a++))echo "after a++, a = $a"
有时候 script 当中会出现，大括号中会夹着一段或几段以"分号"做结尾的指令或变数设定。
# cat ftmp-02#!/bin/basha=fsh{a=inbc ; echo -e "\n $a \n"}echo $a#./ftmp-02inbcinbc
这种用法与上面介绍的指令群组非常相似，但有个不同点，它在当前的 shell 执行，不会产生 subshell。
大括号也被运用在 "函数" 的功能上。广义地说，单纯只使用大括号时，作用就像是个没有指定名称的函数一般。因此，这样写 script也是相当好的一件事。尤其对输出输入的重导向上，这个做法可精简 script 的复杂度。
此外，大括号还有另一种用法，如下
{xx,yy,zz,...}
这种大括号的组合，常用在字串的组合上，来看个例子
mkdir {userA,userB,userC}-{home,bin,data}
我们得到 userA-home, userA-bin, userA-data, userB-home, userB-bin,userB-data, userC-home, userC-bin,userC-data，这几个目录。这组符号在适用性上相当广泛。能加以善用的话，回报是精简与效率。像下面的例子
chown root /usr/{ucb/{ex,edit},lib/{ex?.?*,how_ex}}
如果不是因为支援这种用法，我们得写几行重复几次呀！
常出现在流程控制中，扮演括住判断式的作用。if [ "$?" != 0 ]thenecho "Executes error"exit1fi
这个符号在正则表达式中担任类似 "范围" 或 "集合" 的角色
rm -r 200[1234]
上例，代表删除 2001, 2002, 2003, 2004 等目录的意思。
这组符号与先前的 [] 符号，基本上作用相同，但她允许在其中直接使用 || 与 逻辑等符号。
#!/bin/bashread akif [[ ak 5 || ak 9 ]]thenecho $akfi
这个会时常看到，代表 or 逻辑的符号。
这个也会常看到，代表 and 逻辑的符号。
单一个 符号，且放在完整指令列的最后端，即表示将该指令列放入后台中工作。
tar cvfz data.tar.gz data /dev/null
这组符号在规则表达式中，被定义为"边界"的意思。譬如，当我们想找寻 the 这个单字时，如果我们用
grep the FileA
你将会发现，像 there 这类的单字，也会被当成是匹配的单字。因为 the 正巧是 there的一部份。如果我们要必免这种情况，就得加上 "边界" 的符号
grep '' FileA
在运算式中，她用来表示 "加法"。
expr 1 + 2 + 3
此外在规则表达式中，用来表示"很多个"的前面字元的意思。
# grep '10\+9' fileB109100910000910000931010009#这个符号在使用时，前面必须加上escape 字元。
在运算式中，她用来表示 "减法"。
expr 10 - 2
此外也是系统指令的选项符号。
ls -expr 10 - 2
在 GNU 指令中，如果单独使用 - 符号，不加任何该加的文件名称时，代表"标准输入"的意思。这是 GNU指令的共通选项。譬如下例
tar xpvf -
这里的 - 符号，既代表从标准输入读取资料。
不过，在 cd 指令中则比较特别
cd -
这代表变更工作目录到"上一次"工作目录。
在运算式中，用来表示 "除法"。
expr 10 % 2
此外，也被运用在关于变量的规则表达式当中的下列
{parameter%word} {parameter%%word}
一个 % 表示最短的 word 匹配，两个表示最长的 word 匹配。
常在设定变数时看到的符号。
vara=123echo " vara = $vara"
或者像是 PATH 的设定，甚至应用在运算或判断式等此类用途上。
常在条件判断式中看到，代表 "等于" 的意思。
if [ $vara == $varb ]
...下略
常在条件判断式中看到，代表 "不等于" 的意思。
if [ $vara != $varb ]
...下略
这个符号在规则表达式中，代表行的 "开头" 位置，在[]中也与"!"(叹号)一样表示“非”
输出/输入重导向
文件描述符(File Descriptor)，用一个数字（通常为0-9）来表示一个文件。
常用的文件描述符如下：
文件描述符 名称 常用缩写 默认值
0 标准输入 stdin 键盘
1 标准输出 stdout 屏幕
2 标准错误输出 stderr 屏幕
我们在简单地用或时，相当于使用 0 或 1（下面会详细介绍）。
把cmd命令的输出重定向到文件file中。如果file已经存在，则清空原有文件，使用bash的noclobber选项可以防止复盖原有文件。
把cmd命令的输出重定向到文件file中，如果file已经存在，则把信息加在原有文件後面。
使cmd命令从file读入
从命令行读取输入，直到一个与text相同的行结束。除非使用引号把输入括起来，此模式将对输入内容进行shell变量替换。如果使用- ，则会忽略接下来输入行首的tab，结束行也可以是一堆tab再加上一个与text相同的内容，可以参考後面的例子。
把word（而不是文件word）和後面的换行作为输入提供给cmd。
以读写模式把文件file重定向到输入，文件file不会被破坏。仅当应用程序利用了这一特性时，它才是有意义的。
功能同，但即便在设置了noclobber时也会复盖file文件，注意用的是|而非一些书中说的!，目前仅在csh中仍沿用!实现这一功能。
cmd n 把输出送到文件描述符n
cmd mn 把输出到文件符m的信息重定向到文件描述符n
cmd - 关闭标准输出
cmd n 输入来自文件描述符n
cmd mn m来自文件描述各个n
cmd - 关闭标准输入
cmd n- 移动输入文件描述符n而非复制它。
cmd n- 移动输出文件描述符 n而非复制它。
注意： 实际上复制了文件描述符，这使得cmd file 21与cmd 21 file的效果不一样。
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
Linux命令行在一条命令结束时使用分号，分号后面连接新的命令。
demo如下：
ls ~ ; cd pkgs/
注：以上2个命令按照顺序都会执行。
