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linux常用的语言就是shell和python,首先我们得先了解语言的概念
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-EOF
EOF
编写一个简单的bash档如下:
我们可以看到用./执行bash档时,没有进入到/home目录下,这种我们称为 在子shell中执行 ,其不影响当前shell的状况(有时候执行成功没有效果的原因)。但是无论是. 执行还是source执行我们都成功进入了home路径下,这我们称之为 在当前shell执行
su nologinshell 不加载用户的shell
su - loginshell 加载用户的shell
可以很明显的看出来,当用不加载用户的shell加载用户时,是不会具有当前加载用户的权限的,很像windows中的游客模式
history历史记录缓存
~/.bash_history退出后写入缓存
~/.bash_logout退出后执行
在这一层,顺带按图索骥,理解一下linux系统开机的历程。红字:系统层开机/切换用户历程;蓝字:用户层开机/切换用户历程;黄字:用户层关机历程。
曾经玩过一个游戏:在用户指令关机时,会有一辆小火车开过,所以我们可以把调用小火车开过的程式调用写在?
1、命令和文件的自动补齐 shift
2、命令的历史记忆功能:上下键、!number 执行第多少条命令、
!string 找到最近以string开头的命令、! 上一个命令最后的参数、
!! 执行上一个命令、^R 搜索历史命令
3、别名功能:alias 查看别名、unalias 取消别名、(命名前加\斜线跳过别名)
alias xx=’xx’ 定义临时别名、vim ~/.bashrc 定义永久别名
4.快捷键:^D 退出、^A 光标移动到命令最前、^E 光标移动到命令最后、
^L 清屏、^U 往前的删掉、^K 往后的删掉、^Y 撤销、^M 回车
^S 锁屏、^Q 解除锁屏
5.前后台作业控制: 后台不保留、nohup 后台保留、screen
; || (命令返回值echo ?)
*任意多个字符
?任意一个字符
[]匹配括号内任意一个字符
()在子shell中执行
{}集合
\转义字符
注意点:echo -e “a\tb”
$? 前一条命令的执行成功与否
$1 传入的第一个参数 $2 $3 位置变量
没有使用环境变量的必要性
练习内容:读取用户指定文档的ip连通性
bc计算器
假设我们定义了一个变量为:
记忆的方法为:
利用${ } 还可针对不同的变数状态赋值(没设定、空值、非空值):
基本linux命令有哪些呢?
1、ls命令
就是 list 的缩写,通过 ls 命令不仅可以查看 linux 文件夹包含的文件,而且可以查看文件权限(包括目录、文件夹、文件权限)查看目录信息等等。
常用参数搭配:
ls -a 列出目录所有文件,包含以.开始的隐藏文件
ls -A 列出除.及..的其它文件
ls -r 反序排列
ls -t 以文件修改时间排序
ls -S 以文件大小排序
ls -h 以易读大小显示
ls -l 除了文件名之外,还将文件的权限、所有者、文件大小等信息详细列出来
实例:
(1) 按易读方式按时间反序排序,并显示文件详细信息
ls -lhrt
(2) 按大小反序显示文件详细信息
ls -lrS
(3)列出当前目录中所有以"t"开头的目录的详细内容
ls -l t*
(4) 列出文件绝对路径(不包含隐藏文件)
ls | sed "s:^:`pwd`/:"
(5) 列出文件绝对路径(包含隐藏文件)
find $pwd -maxdepth 1 | xargs ls -ld
2、cd 命令
cd(changeDirectory) 命令语法:
cd [目录名]
说明:切换当前目录至 dirName。
实例:
(1)进入要目录
cd /
(2)进入 "home" 目录
cd ~
(3)进入上一次工作路径
cd -
(4)把上个命令的参数作为cd参数使用。
cd !$
3、pwd 命令
pwd 命令用于查看当前工作目录路径。
实例:
(1)查看当前路径
pwd
(2)查看软链接的实际路径
pwd -P
4、mkdir 命令
mkdir 命令用于创建文件夹。
可用选项:
-m: 对新建目录设置存取权限,也可以用 chmod 命令设置;
-p: 可以是一个路径名称。此时若路径中的某些目录尚不存在,加上此选项后,系统将自动建立好那些尚不在的目录,即一次可以建立多个目录。
实例:
(1)当前工作目录下创建名为 t的文件夹
mkdir t
(2)在 tmp 目录下创建路径为 test/t1/t 的目录,若不存在,则创建:
mkdir -p /tmp/test/t1/t
5、rm 命令
删除一个目录中的一个或多个文件或目录,如果没有使用 -r 选项,则 rm 不会删除目录。如果使用 rm 来删除文件,通常仍可以将该文件恢复原状。
rm [选项] 文件…
实例:
(1)删除任何 .log 文件,删除前逐一询问确认:
rm -i *.log
(2)删除 test 子目录及子目录中所有档案删除,并且不用一一确认:
rm -rf test
(3)删除以 -f 开头的文件
rm -- -f*
6、rmdir 命令
从一个目录中删除一个或多个子目录项,删除某目录时也必须具有对其父目录的写权限。
注意:不能删除非空目录
实例:
(1)当 parent 子目录被删除后使它也成为空目录的话,则顺便一并删除:
rmdir -p parent/child/child11
7、mv 命令
移动文件或修改文件名,根据第二参数类型(如目录,则移动文件;如为文件则重命令该文件)。
当第二个参数为目录时,第一个参数可以是多个以空格分隔的文件或目录,然后移动第一个参数指定的多个文件到第二个参数指定的目录中。
实例:
(1)将文件 test.log 重命名为 test1.txt
mv test.log test1.txt
(2)将文件 log1.txt,log2.txt,log3.txt 移动到根的 test3 目录中
mv llog1.txt log2.txt log3.txt /test3
(3)将文件 file1 改名为 file2,如果 file2 已经存在,则询问是否覆盖
mv -i log1.txt log2.txt
(4)移动当前文件夹下的所有文件到上一级目录
mv * ../
8、cp 命令
将源文件复制至目标文件,或将多个源文件复制至目标目录。
注意:命令行复制,如果目标文件已经存在会提示是否覆盖,而在 shell 脚本中,如果不加 -i 参数,则不会提示,而是直接覆盖!
-i 提示
-r 复制目录及目录内所有项目
-a 复制的文件与原文件时间一样
实例:
(1)复制 a.txt 到 test 目录下,保持原文件时间,如果原文件存在提示是否覆盖。
cp -ai a.txt test
(2)为 a.txt 建议一个链接(快捷方式)
cp -s a.txt link_a.txt
9、cat 命令
cat 主要有三大功能:
1.一次显示整个文件:
cat filename
2.从键盘创建一个文件:
cat filename
只能创建新文件,不能编辑已有文件。
3.将几个文件合并为一个文件:
cat file1 file2 file
-b 对非空输出行号
-n 输出所有行号
实例:
(1)把 log2012.log 的文件内容加上行号后输入 log2013.log 这个文件里
cat -n log2012.log log2013.log
(2)把 log2012.log 和 log2013.log 的文件内容加上行号(空白行不加)之后将内容附加到 log.log 里
cat -b log2012.log log2013.log log.log
(3)使用 here doc 生成新文件
cat log.txt EOF
Hello
World
PWD=$(pwd)
EOF
ls -l log.txt
cat log.txt
Hello
World
PWD=/opt/soft/test
(4)反向列示
tac log.txt
PWD=/opt/soft/test
World
Hello
10、more 命令
功能类似于 cat, more 会以一页一页的显示方便使用者逐页阅读,而最基本的指令就是按空白键(space)就往下一页显示,按 b 键就会往回(back)一页显示。
命令参数:
+n 从笫 n 行开始显示
-n 定义屏幕大小为n行
+/pattern 在每个档案显示前搜寻该字串(pattern),然后从该字串前两行之后开始显示
-c 从顶部清屏,然后显示
-d 提示“Press space to continue,’q’ to quit(按空格键继续,按q键退出)”,禁用响铃功能
-l 忽略Ctrl+l(换页)字符
-p 通过清除窗口而不是滚屏来对文件进行换页,与-c选项相似
-s 把连续的多个空行显示为一行
-u 把文件内容中的下画线去掉
常用操作命令:
Enter 向下 n 行,需要定义。默认为 1 行
Ctrl+F 向下滚动一屏
空格键 向下滚动一屏
Ctrl+B 返回上一屏
= 输出当前行的行号
:f 输出文件名和当前行的行号
V 调用vi编辑器
!命令 调用Shell,并执行命令
q 退出more
实例:
(1)显示文件中从第3行起的内容
more +3 text.txt
(2)在所列出文件目录详细信息,借助管道使每次显示 5 行
ls -l | more -5
按空格显示下 5 行。
11、less 命令
less 与 more 类似,但使用 less 可以随意浏览文件,而 more 仅能向前移动,却不能向后移动,而且 less 在查看之前不会加载整个文件。
常用命令参数:
-i 忽略搜索时的大小写
-N 显示每行的行号
-o 文件名 将less 输出的内容在指定文件中保存起来
-s 显示连续空行为一行
/字符串:向下搜索“字符串”的功能
?字符串:向上搜索“字符串”的功能
n:重复前一个搜索(与 / 或 ? 有关)
N:反向重复前一个搜索(与 / 或 ? 有关)
-x 数字 将“tab”键显示为规定的数字空格
b 向后翻一页
d 向后翻半页
h 显示帮助界面
Q 退出less 命令
u 向前滚动半页
y 向前滚动一行
空格键 滚动一行
回车键 滚动一页
[pagedown]: 向下翻动一页
[pageup]: 向上翻动一页
实例:
(1)ps 查看进程信息并通过 less 分页显示
ps -aux | less -N
(2)查看多个文件
less 1.log 2.log
可以使用 n 查看下一个,使用 p 查看前一个。
12、head 命令
head 用来显示档案的开头至标准输出中,默认 head 命令打印其相应文件的开头 10 行。
常用参数:
-n行数 显示的行数(行数为复数表示从最后向前数)
实例:
(1)显示 1.log 文件中前 20 行
head 1.log -n 20
(2)显示 1.log 文件前 20 字节
head -c 20 log2014.log
(3)显示 t.log最后 10 行
head -n -10 t.log
13、tail 命令
用于显示指定文件末尾内容,不指定文件时,作为输入信息进行处理。常用查看日志文件。
常用参数:
-f 循环读取(常用于查看递增的日志文件)
-n行数 显示行数(从后向前)
(1)循环读取逐渐增加的文件内容
ping 127.0.0.1 ping.log
后台运行:可使用 jobs -l 查看,也可使用 fg 将其移到前台运行。
tail -f ping.log
(查看日志)
14、which 命令
在 linux 要查找某个文件,但不知道放在哪里了,可以使用下面的一些命令来搜索:
which 查看可执行文件的位置。
whereis 查看文件的位置。
locate 配合数据库查看文件位置。
find 实际搜寻硬盘查询文件名称。
which 是在 PATH 就是指定的路径中,搜索某个系统命令的位置,并返回第一个搜索结果。使用 which 命令,就可以看到某个系统命令是否存在,以及执行的到底是哪一个位置的命令。
常用参数:
-n 指定文件名长度,指定的长度必须大于或等于所有文件中最长的文件名。
实例:
(1)查看 ls 命令是否存在,执行哪个
which ls
(2)查看 which
which which
(3)查看 cd
which cd(显示不存在,因为 cd 是内建命令,而 which 查找显示是 PATH 中的命令)
查看当前 PATH 配置:
echo $PATH
或使用 env 查看所有环境变量及对应值
15、whereis 命令
whereis 命令只能用于程序名的搜索,而且只搜索二进制文件(参数-b)、man说明文件(参数-m)和源代码文件(参数-s)。如果省略参数,则返回所有信息。whereis 及 locate 都是基于系统内建的数据库进行搜索,因此效率很高,而find则是遍历硬盘查找文件。
常用参数:
-b 定位可执行文件。
-m 定位帮助文件。
-s 定位源代码文件。
-u 搜索默认路径下除可执行文件、源代码文件、帮助文件以外的其它文件。
实例:
(1)查找 locate 程序相关文件
whereis locate
(2)查找 locate 的源码文件
whereis -s locate
(3)查找 lcoate 的帮助文件
whereis -m locate
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令:
通过多敲键盘,形成手感 肌肉记忆 ,熟练掌握这些命令,在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍(主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记)
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来:
参数的用法介绍:
注意事项:
用 cat 命令可以 查看文本 ,也可以 编辑文本 ,编辑文本要加 符号,退出时,另起一行,按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件,tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行,默认 10 行 (在R语言里head和tail默认是前6行)。
less命令用得最多 ,more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 :
需要注意 退出 :只要使用less命令, 按q键
less命令重要的补充用法2 :
参数用法:
less命令 不加参数 查看文件:
less命令加 -N参数 查看文件:显示行号
less命令加 -S参数 查看文件:单行显示,非常规整
对比:less和cat命令显示文本行号的用法:less -N,cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看,按空格翻页,按回车换行 ,more命令一般很少用,熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去,但是别的命令不一定会把换行符算进去,。
常见参数:
切记:用less命令,按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前:
排列后:
解释:1和0比,1大;7和0比,7大…在sort字典排序里,100816比1737小,所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时,因为制表符对齐的原因,出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样,所以 加上-n参数 , 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重,只有两行出现重复,而且是相邻的两行,如果不相邻,即使出现两行一模一样,不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之,uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1:
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯,原始数据不要轻易修改,修改的东西另外保存,文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ,然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上,将空格替换成制表符
补充小知识 :
清屏 :control L
查看历史(输入过的)命令 :history
一、cd命令(切换目录 )
(1)切换到目录 /usr/local
cd /usr/local
(2)去到目前的上层目录
cd ..
(3)回到自己的主文件夹
cd ~
二、ls命令(查看文件与目录)
(4)查看目录/usr下所有的文件
cd /usr ls -al
三、mkdir命令(新建新目录 )
(5)进入/tmp目录,创建一个名为a的目录,并查看有多少目录存在
cd /tmp
mkdir a ls -al
(6)创建目录a1/a2/a3/a4
mkdir -p a1/a2/a3/a4
四、 rmdir命令(删除空的目录)
(7)将上例创建的目录a(/tmp下面)删除
rmdir a
(8)删除目录a1/a2/a3/a4,查看有多少目录存在
rmdir -p a1/a2/a3/a4
ls -al
五、cp命令(复制文件或目录 )
(9)将主文件夹下的.bashrc复制到/usr下,命名为bashrc1
sudo cp ~/.bashrc /usr/bashrc1
(10)在/tmp下新建目录test,再复制这个目录内容到/usr
cd /tmp
mkdir test
sudo cp -r /tmp/test /usr
六、mv命令(移动文件与目录,或更名)
(11)将上例文件bashrc1移动到目录/usr/test
sudo mv /usr/bashrc1 /usr/test
(12)将上例test目录重命名为test2
sudo mv /usr/test /usr/test2
七、rm命令:移除文件或目录
(13)将上例复制的bashrc1文件删除
sudo rm /usr/test2/bashrc1
(14)将上例的test2目录删除
sudo rm -r /usr/test2
八、cat命令:查看文件内容
(15)查看主文件夹下的.bashrc文件内容
cat ~/.bashrc
九、tac命令:反向列示
(16)反向查看主文件夹下.bashrc文件内容
tac ~/.bashrc
十、more命令:一页一页翻动查看
(17)翻页查看主文件夹下.bashrc文件内容
more ~/.bashrc
十一、head命令:取出前面几行
(18)查看主文件夹下.bashrc文件内容前20行
head -n 20 ~/.bashrc
(19)查看主文件夹下.bashrc文件内容,后面50行不显示,只显示前面几行
head -n -50 ~/.bashrc
十二、tail命令:取出后面几行
(20)查看主文件夹下.bashrc文件内容最后20行
tail -n 20 ~/.bashrc
(21) 查看主文件夹下.bashrc文件内容,只列出50行以后的数据
tail -n +50 ~/.bashrc
十三、touch命令:修改文件时间或创建新文件
(22)在/tmp下创建一个空文件hello并查看时间
cd /tmp
touch hello ls -l hello
(23)修改hello文件,将日期调整为5天前
touch -d “5 days ago” hello
十四、chown命令:修改文件所有者权限
(24)将hello文件所有者改为root帐号,并查看属性
sudo chown root /tmp/hello
ls -l /tmp/hello
十五、find命令:文件查找
(25)找出主文件夹下文件名为.bashrc的文件
find ~ -name .bashrc
十六、tar命令:压缩命令
(26)在/目录下新建文件夹test,然后在/目录下打包成test.tar.gz
sudo mkdir /test
sudo tar -zcv -f /test.tar.gz test
(27)解压缩到/tmp目录
sudo tar -zxv -f /test.tar.gz -C /tmp
十七、grep命令:查找字符串
(28)从~/.bashrc文件中查找字符串'examples'
grep -n 'examples' ~/.bashrc