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linux常用命令有pwd命令、cd命令、ls命令、cat命令、grep命令、touch命令、cp命令、mv命令、rm命令、rmdir命令等。
linux常用命令：
1、 pwd命令
该命令的英文解释为print working directory(打印工作目录)。输入pwd命令，Linux会输出当前目录。
2、 cd命令
cd命令用来改变所在目录。
cd / 转到根目录中
cd ~ 转到/home/user用户目录下
cd /usr 转到根目录下的usr目录中-------------绝对路径
cd test 转到当前目录下的test子目录中-------相对路径
3、 ls命令
ls命令用来查看目录的内容。 选项 含义 -a 列举目录中的全部文件，包括隐藏文件 -l 列举目录中的细节，包括权限、所有者、组群、大小、创建日期、文件是否是链接等 -f 列举的文件显示文件类型 -r 逆向，从后向前地列举目录中内容 -R 递归，该选项递归地列举当前目录下所有子目录内的内容 -s 大小，按文件大小排序 -h 以人类可读的方式显示文件的大小，如用K、M、G作单位 ls -l examples.doc 列举文件examples.doc的所有信息
4、 cat命令
cat命令可以用来合并文件，也可以用来在屏幕上显示整个文件的内容。
cat snow.txt 该命令显示文件snow.txt的内容，ctrl+D退出cat。
5、 grep命令
grep命令的最大功能是在一堆文件中查找一个特定的字符串。
grep money test.txt
以上命令在test.txt中查找money这个字符串，grep查找是区分大小写的。
6 、touch命令
touch命令用来创建新文件，他可以创建一个空白的文件，可以在其中添加文本和数据。
touch newfile 该命令创建一个名为newfile的空白文件。
7 、cp命令
cp命令用来拷贝文件，要复制文件，输入命令：
cp
cp t.txt Document/t 该命令将把文件t.txt复制到Document目录下，并命名为t。 选项 含义 -i 互动：如果文件将覆盖目标中的文件，他会提示确认 -r 递归：这个选项会复制整个目录树、子目录以及其他 -v 详细：显示文件的复制进度
8 、mv命令
mv命令用来移动文件。 选项 说明 -i 互动：如果选择的文件会覆盖目标中的文件，他会提示确认 -f 强制：它会超越互动模式，不提示地移动文件，属于很危险的选项 -v 详细：显示文件的移动进度
mv t.txt Document 把文件t.txt 移动到目录Document中。
9 、rm命令
rm命令用来删除文件。 选项 说明 -i 互动：提示确认删除 -f 强制：代替互动模式，不提示确认删除 -v 详细：显示文件的删除进度 -r 递归：将删除某个目录以及其中所有的文件和子目录
rm t.txt 该命令删除文件t.txt
10、 rmdir命令
rmdir命令用来删除目录。
Linux下常用文本处理命令大全
Linux下面有很多经典的非常有用的命令，其中处理文本的命令就有很多。下面就让我们一起看看这些经典的Linux文本处理命令有哪些吧。
一. sort
文件排序, 通常用在管道中当过滤器来使用. 这个命令可以依据指定的关键字或指定的字符位置, 对文件行进行排序. 使用-m选项, 它将会合并预排序的输入文件. 想了解这个命令的全部参数请参考这个命令的info页.
二. tsort
拓扑排序, 读取以空格分隔的有序对, 并且依靠输入模式进行排序.
三. uniq
这个过滤器将会删除一个已排序文件中的重复行. 这个命令经常出现在sort命令的管道后边.
四. expand, unexpand
expand命令将会把每个tab转化为一个空格. 这个命令经常用在管道中.
unexpand命令将会把每个空格转化为一个tab. 效果与expand命令相反.
五. cut
一个从文件中提取特定域的工具. 这个命令与awk中使用的print $N命令很相似, 但是更受限. 在脚本中使用cut命令会比使用awk命令来得容易一些. 最重要的选项就是-d(字段定界符)和-f(域分隔符)选项.
六. paste
将多个文件, 以每个文件一列的形式合并到一个文件中, 合并后文件中的每一列就是原来的一个文件. 与cut结合使用, 经常用于创建系统log文件.
七. join
这个命令与paste命令属于同类命令. 但是它能够完成某些特殊的目地. 这个强力工具能够以一种特殊的形式来合并两个文件, 这种特殊的形式本质上就是一个关联数据库的简单版本.
join命令只能够操作两个文件. 它可以将那些具有特定标记域(通常是一个数字标签)的行合并起来, 并且将结果输出到stdout. 被加入的文件应该事先根据标记域进行排序以便于能够正确的匹配.
八. head
把文件的头部内容打印到stdout上(默认为10行, 可以自己修改). 这个命令有一些比较有趣的选项.
九. tail
将一个文件结尾部分的内容输出到stdout中(默认为10行). 通常用来跟踪一个系统logfile的.修改情况, 如果使用-f选项的话, 这个命令将会继续显示添加到文件中的行.
十. wc
wc可以统计文件或I/O流中的”单词数量”:
十一. fold
将输入按照指定宽度进行折行. 这里有一个非常有用的选项-s, 这个选项可以使用空格进行断行(译者: 事实上只有外文才需要使用空格断行, 中文是不需要的)(请参考例子 12-23和例子 A-1).
十二. fmt
一个简单的文件格式器, 通常用在管道中, 将一个比较长的文本行输出进行”折行”.
十三. col
这个命令用来滤除标准输入的反向换行符号. 这个工具还可以将空白用等价的tab来替换. col工具最主要的应用还是从特定的文本处理工具中过滤输出, 比如groff和tbl. (译者: 主要用来将man页转化为文本.)
十四. column
列格式化工具. 通过在合适的位置插入tab, 这个过滤工具会将列类型的文本转化为”易于打印”的表格式进行输出.
十五. colrm
列删除过滤器. 这个工具将会从文件中删除指定的列(列中的字符串)并且写到文件中, 如果指定的列不存在, 那么就回到stdout. colrm 2 4 filename将会删除filename文件中每行的第2到第4列之间的所有字符. p="" /filename将会删除filename文件中每行的第2到第4列之间的所有字符.
Caution: 如果这个文件包含tab和不可打印字符, 那将会引起不可预期的行为. 在这种情况下, 应该通过管道的手段使用expand和unexpand来预处理colrm.
十六. nl
计算行号过滤器. nl filename将会把filename文件的所有内容都输出到stdout上, 但是会在每个非空行的前面加上连续的行号. 如果没有filename参数, 那么就操作stdin.
nl命令的输出与cat -n非常相似, 然而, 默认情况下nl不会列出空行.
十七. pr
格式化打印过滤器. 这个命令会将文件(或stdout)分页, 将它们分成合适的小块以便于硬拷贝打印或者在屏幕上浏览. 使用这个命令的不同的参数可以完成好多任务, 比如对行和列的操作, 加入行, 设置页边, 计算行号, 添加页眉, 合并文件等等. pr命令集合了许多命令的功能, 比如nl, paste, fold, column, 和expand.
pr -o 5 –width=65 fileZZZ | more 这个命令对fileZZZ进行了比较好的分页, 并且打印到屏幕上. 文件的缩进被设置为5, 总宽度设置为65.
一个非常有用的选项-d, 强制隔行打印(与sed -G效果相同).
十八. gettext
GNU gettext包是专门用来将程序的输出翻译或者本地化为不同国家语言的工具集. 在最开始的时候仅仅支持C语言, 现在已经支持了相当数量的其它程序语言和脚本语言.
想要查看gettext程序如何在shell脚本中使用. 请参考info页.
十九. msgfmt
一个产生二进制消息目录的程序. 这个命令主要用来本地化.
二十. iconv
一个可以将文件转化为不同编码格式(字符集)的工具. 这个命令主要用来本地化.
二十一. recode
可以认为这个命令是上边iconv命令的专业版本. 这个非常灵活的并可以把整个文件都转换为不同编码格式的工具并不是Linux标准安装的一部分.
二十二. TeX, gs
TeX和Postscript都是文本标记语言, 用来对打印和格式化的视频显示进行预拷贝.
TeX是Donald Knuth精心制作的排版系统. 通常情况下, 通过编写脚本的手段来把所有的选项和参数封装起来一起传到标记语言中是一件很方便的事情.
在Linux系统里常用于文本查看、操作、统计的命令：
通过多敲键盘，形成手感 肌肉记忆 ，熟练掌握这些命令，在以后生信分析中游刃有余。以下是每个命令的详细的介绍（主要是跟着 生信技能树小郭老师 学习做的笔记）
接下来通过示例把10个命令的常用参数和用法展示出来：
参数的用法介绍：
注意事项：
用 cat 命令可以 查看文本 ，也可以 编辑文本 ，编辑文本要加 符号，退出时，另起一行，按 control C 退出
zcat可以查看压缩的文本文件，tac逆向查看
结合 管道符| 使用
head / tail -n :查看文件的前 / 后 n 行，默认 10 行 （在R语言里head和tail默认是前6行）。
less命令用得最多 ，more命令用得比较少
3.1 less命令
less [参数] 文件名
less命令重要的补充用法1 ：
需要注意 退出 ：只要使用less命令， 按q键
less命令重要的补充用法2 ：
参数用法：
less命令 不加参数 查看文件：
less命令加 -N参数 查看文件：显示行号
less命令加 -S参数 查看文件：单行显示，非常规整
对比：less和cat命令显示文本行号的用法：less -N，cat -n
3.2 more命令
**more ** 逐页查看，按空格翻页，按回车换行 ，more命令一般很少用，熟练掌握less命令就好
查看压缩文件
wc 统计字符是也把换行符统计进去，但是别的命令不一定会把换行符算进去，。
常见参数:
切记：用less命令，按q退出
cut命令是按关键词来切的
常见参数:
排列前：
排列后：
解释：1和0比，1大；7和0比，7大…在sort字典排序里，100816比1737小，所以100816排在前面。
命令行查看一个表格结构时，因为制表符对齐的原因，出现一个错位的现象。还有 字典排序 可能和我们平时的认知不一样，所以 加上-n参数 ， 让数值有数学意义上的大小来排序 。
uniq命令去重，只有两行出现重复，而且是相邻的两行，如果不相邻，即使出现两行一模一样，不会去重。
uniq命令通常和sort命令搭配使用
换其它文件试试
总之，uniq命令使用时经常和sort一起
常见参数:
常见用法1：
paste file1 file2
-s :按行合并 演示
常见用法2 : paste - -
常见参数:
要养成一个好习惯，原始数据不要轻易修改，修改的东西另外保存，文本保存用 (重定向)或是 (追加)
1. 用 less 查看 example.gtf ，然后管道符传递给 wc
2. 截取 example.gtf 第 9 列的内容
3. 在第2步的基础上截取分号分割的第1列
4. 在第3步的基础上排序、去重复并统计
5. 在第4步的基础上，将空格替换成制表符
补充小知识 ：
清屏 ：control L
查看历史（输入过的）命令 ：history
linux命令格式：
说明：command: 命令名,相应功能的英文单词或单词的缩写 [-options]：选项,可用来对命令进行控制，也可以省略，[]代表可选 parameter1 …：传给命令的参数：可以是零个一个或多个
一般是linux命令自带的帮助信息
如：
man是linux提供的一个手册，包含了绝大部分的命令、函数使用说明
该手册分成很多章节（section），使用man时可以指定不同的章节来浏览。
例：man ls ; man 2 printf
man中各个section意义如下：
man是按照手册的章节号的顺序进行搜索的。
man设置了如下的功能键：
在敲出命令的前几个字母的同时，按下tab键，系统会自动帮我们补全命令
当系统执行过一些命令后，可按上下键翻看以前的命令，history将执行过的命令列举出来
ls是英文单词list的简写，其功能为列出目录的内容，是用户最常用的命令之一，它类似于DOS下的dir命令。
Linux文件或者目录名称最长可以有265个字符，“.”代表当前目录，“..”代表上一级目录，以“.”开头的文件为隐藏文件，需要用 -a 参数才能显示。
ls常用参数：
Linux允许将命令执行结果重定向到一个文件，本应显示在终端上的内容保存到指定文件中。
如：ls test.txt ( test.txt 如果不存在，则创建，存在则覆盖其内容 )
注意： 输出重定向会覆盖原来的内容，输出重定向则会追加到文件的尾部。
查看内容时，在信息过长无法在一屏上显示时，会出现快速滚屏，使得用户无法看清文件的内容，此时可以使用more命令，每次只显示一页，按下空格键可以显示下一页，按下q键退出显示，按下h键可以获取帮助。
管道：一个命令的输出可以通过管道做为另一个命令的输入。
管道我们可以理解现实生活中的管子，管子的一头塞东西进去，另一头取出来，这里“ | ”的左右分为两端，左端塞东西(写)，右端取东西(读)。
clear作用为清除终端上的显示(类似于DOS的cls清屏功能)，也可使用快捷键：Ctrl + l ( “l” 为字母 )。
在使用Unix/Linux的时候，经常需要更换工作目录。cd命令可以帮助用户切换工作目录。Linux所有的目录和文件名大小写敏感
cd后面可跟绝对路径，也可以跟相对路径。如果省略目录，则默认切换到当前用户的主目录。
使用pwd命令可以显示当前的工作目录，该命令很简单，直接输入pwd即可，后面不带参数。
通过mkdir命令可以创建一个新的目录。参数-p可递归创建目录。
需要注意的是新建目录的名称不能与当前目录中已有的目录或文件同名，并且目录创建者必须对当前目录具有写权限。
可使用rmdir命令删除一个目录。必须离开目录，并且目录必须为空目录，不然提示删除失败。
可通过rm删除文件或目录。使用rm命令要小心，因为文件删除后不能恢复。为了防止文件误删，可以在rm后使用-i参数以逐个确认要删除的文件。
常用参数及含义如下表所示：
Linux链接文件类似于Windows下的快捷方式。
链接文件分为软链接和硬链接。
软链接：软链接不占用磁盘空间，源文件删除则软链接失效。
硬链接：硬链接只能链接普通文件，不能链接目录。
使用格式：
如果没有-s选项代表建立一个硬链接文件，两个文件占用相同大小的硬盘空间，即使删除了源文件，链接文件还是存在，所以-s选项是更常见的形式。
注意：如果软链接文件和源文件不在同一个目录，源文件要使用绝对路径，不能使用相对路径。
Linux系统中grep命令是一种强大的文本搜索工具，grep允许对文本文件进行模式查找。如果找到匹配模式， grep打印包含模式的所有行。
grep一般格式为：
在grep命令中输入字符串参数时，最好引号或双引号括起来。例如：grep‘a ’1.txt。
常用选项说明：
find命令功能非常强大，通常用来在特定的目录下搜索符合条件的文件，也可以用来搜索特定用户属主的文件。
常用用法：
cp命令的功能是将给出的文件或目录复制到另一个文件或目录中，相当于DOS下的copy命令。
常用选项说明：
用户可以使用mv命令来移动文件或目录，也可以给文件或目录重命名。
常用选项说明：
计算机中的数据经常需要备份，tar是Unix/Linux中最常用的备份工具，此命令可以把一系列文件归档到一个大文件中，也可以把档案文件解开以恢复数据。
tar使用格式 tar [参数] 打包文件名 文件
tar命令很特殊，其参数前面可以使用“-”，也可以不使用。
常用参数：
tar与gzip命令结合使用实现文件打包、压缩。 tar只负责打包文件，但不压缩，用gzip压缩tar打包后的文件，其扩展名一般用xxxx.tar.gz。
gzip使用格式如下：
gzip [选项] 被压缩文件
常用选项：
tar与bzip2命令结合使用实现文件打包、压缩(用法和gzip一样)。
tar只负责打包文件，但不压缩，用bzip2压缩tar打包后的文件，其扩展名一般用xxxx.tar.gz2。
在tar命令中增加一个选项(-j)可以调用bzip2实现了一个压缩的功能，实行一个先打包后压缩的过程。
压缩用法：tar -jcvf 压缩包包名 文件...(tar jcvf bk.tar.bz2 *.c)
解压用法：tar -jxvf 压缩包包名 (tar jxvf bk.tar.bz2)
通过zip压缩文件的目标文件不需要指定扩展名，默认扩展名为zip。
压缩文件：zip [-r] 目标文件(没有扩展名) 源文件
解压文件：unzip -d 解压后目录文件 压缩文件
whoami该命令用户查看当前系统当前账号的用户名。可通过cat /etc/passwd查看系统用户信息。
由于系统管理员通常需要使用多种身份登录系统，例如通常使用普通用户登录系统，然后再以su命令切换到root身份对传统进行管理。这时候就可以使用whoami来查看当前用户的身份。
who命令用于查看当前所有登录系统的用户信息。
常用选项：
如果是图形界面，退出当前终端；
如果是使用ssh远程登录，退出登陆账户；
如果是切换后的登陆用户，退出则返回上一个登陆账号。
在Unix/Linux中添加用户账号可以使用adduser或useradd命令，因为adduser命令是指向useradd命令的一个链接，因此，这两个命令的使用格式完全一样。
useradd命令的使用格式如下：
useradd [参数] 新建用户账号
在Unix/Linux中，超级用户可以使用passwd命令为普通用户设置或修改用户口令。用户也可以直接使用该命令来修改自己的口令，而无需在命令后面使用用户名。
可以通过su命令切换用户，su后面可以加“-”。su和su –命令不同之处在于，su -切换到对应的用户时会将当前的工作目录自动转换到切换后的用户主目录：
注意：如果是ubuntu平台，需要在命令前加“sudo”，如果在某些操作需要管理员才能操作，ubuntu无需切换到root用户即可操作，只需加“sudo”即可。sudo是ubuntu平台下允许系统管理员让普通用户执行一些或者全部的root命令的一个工具，减少了root 用户的登陆和管理时间，提高了安全性。
方法一:
方法二:
groupadd 新建组账号 groupdel 组账号 cat /etc/group 查看用户组
使用方法：usermod -g 用户组 用户名
新创建的用户，默认不能sudo，需要进行一下操作
-g用来制定这个用户默认的用户组
-G一般配合'-a'来完成向其它组添加
chmod 修改文件权限有两种使用格式：字母法与数字法。
字母法：chmod u/g/o/a +/-/= rwx 文件
cal命令用于查看当前日历，-y显示整年日历
设置时间格式（需要管理员权限）：
date [MMDDhhmm[[CC]YY][.ss]] +format
CC为年前两位yy为年的后两位，前两位的mm为月，后两位的mm为分钟，dd为天，hh为小时，ss为秒。如： date 010203042016.55。
显示时间格式（date '+%y,%m,%d,%H,%M,%S'）：
进程是一个具有一定独立功能的程序，它是操作系统动态执行的基本单元。
ps命令可以查看进程的详细状况，常用选项(选项可以不加“-”)如下：
top命令用来动态显示运行中的进程。top命令能够在运行后，在指定的时间间隔更新显示信息。可以在使用top命令时加上-d 来指定显示信息更新的时间间隔。
在top命令执行后，可以按下按键得到对显示的结果进行排序：
kill命令指定进程号的进程，需要配合 ps 使用。有些进程不能直接杀死，这时候我们需要加一个参数“ -9 ”，“ -9 ” 代表强制结束.
使用格式：
kill [-signal] pid
df命令用于检测文件系统的磁盘空间占用和空余情况，可以显示所有文件系统对节点和磁盘块的使用情况。
du命令用于统计目录或文件所占磁盘空间的大小，该命令的执行结果与df类似，du更侧重于磁盘的使用状况。
du命令的使用格式如下： du [选项] 目录或文件名
