js是静态文件，jsp是动态文件，两个都可以用来保存复用函数。
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我明白楼主的意思，将某些javascript过程封装成函数放在单独的文件里可以提高复用，事实上我们在项目开发中的确有两种选择，就像楼主所说的一种是放在js文件，而另一种是放在jsp文件里。
一般来说，放在jsp文件里可以获得比较好的灵活另，例如实现国际化，将js写在jsp文件里然后配合struts的标签是很容易实现的，但是这在js文件里就很难做到。
但是js文件也有一个有点，就是可以让客户端缓存，比如说，一个网站可能有很多个页面需要引用某个js函数，如果这个函数放在jsp文件，然后在每个页面都include它，那么每次页面加载时都将重复下载这部分代码；但是，如果放在js文件的话，那么客户端在第一次引用该函数时下载js文件，在后面的使用中发现路径相同就直接引用本地缓存的js文件。因为它是静态文件所以能够缓存。
总结一下，放在js文件可以降低网络传输量，所以，如果不是为了必须的灵活性，应该尽量使用js文件来保存javascript代码。
如果只是想做CSS排版，写写简单的脚本特效那种初级程序员，只需会javascript语法，会用jQuery来操作DOM即可。
如果想深入发展（如更强大的网页UI、最近比较流行的用来做手机APP等），则需要深入理解javascript的语言细节（尤其是闭包、原型、函数式编程等）、基于javascript实现面向对象开发、运用常见的设计模式。
这个问题有两个考虑：
如果是外部加载的js， 也就是通过src加载的外部js， 这种方式调用的js之所以要放到底部是因为浏览器渲染网页是从上往下，页面是用户能看到的也能直观感受到的，而js代码是用户看不到的，属于“幕后”的东西， 把“幕后”的东西放到最下面，那么用户能看得见的页面加载速度就会更快，让用户感觉页面打开速度很快，提高用户体验。
js一般会用于对页面DOM的操作，如果将js代码放到页面顶部， 基于浏览器从上往下加载的机制，有可能被操作的DOM节点还未加载完毕，JS就去操作DOM了，这明显会导致出错，放到页面底部会保险一些。
主要考虑是第一条， 第二条现在为了百分百保证DOM树渲染完毕执行JS， 基本都用load检测了。
将JavaScript的值作为参数传给java方法的方法分两种：
1、将JavaScript里面的值赋值到form表单里，然后通过表单提交的方式将数据提交到后台，交给java方法处理。参考代码：
var a = "someValue";
$("#someId").val(a);
2、直接在JavaScript里面，通过ajax来提交请求，与后台做异步请求，实现值的传递，参考代码：
$.ajax({
method:"post",
url:"xxx",
data:{somevalues},
success:function(data){
//do something with data.
}
});
