网创优客建站品牌官网
为成都网站建设公司企业提供高品质网站建设
热线:028-86922220
成都专业网站建设公司

定制建站费用3500元

符合中小企业对网站设计、功能常规化式的企业展示型网站建设

成都品牌网站建设

品牌网站建设费用6000元

本套餐主要针对企业品牌型网站、中高端设计、前端互动体验...

成都商城网站建设

商城网站建设费用8000元

商城网站建设因基本功能的需求不同费用上面也有很大的差别...

成都微信网站建设

手机微信网站建站3000元

手机微信网站开发、微信官网、微信商城网站...

建站知识

当前位置:首页 > 建站知识

R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集

本篇内容介绍了“R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

坚守“ 做人真诚 · 做事靠谱 · 口碑至上 · 高效敬业 ”的价值观,专业网站建设服务10余年为成都成都石凉亭小微创业公司专业提供成都定制网页设计营销网站建设商城网站建设手机网站建设小程序网站建设网站改版,从内容策划、视觉设计、底层架构、网页布局、功能开发迭代于一体的高端网站建设服务。

 需求描述

已经有了100个物种进化树文件,我想从这个树文件里挑选出10个我感兴趣的物种的进化关系。

treeio这个R语言包里有一个函数drop.tip()可以实现,但是他不是直接挑选出来感兴趣的,而是去掉不感兴趣的。

 简单例子

树文件使用treeio包里带的示例文件sample.nwk

nwk<-system.file("extdata","sample.nwk",package="treeio")
library(ggtree)
tree<-read.tree(nwk)
ggtree(tree)+
 geom_text2(aes(subset=!isTip,label=node))+
 geom_tiplab()
 
R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集  

如果我只想看看A/B/C/D/E这些物种之间的关系,就可以去掉非ABCDE这些tips。使用到的是drop.tip()函数。

两个参数:第一个读进来的数;第二个参数是想要去掉的tips。

reserve_tip<-c("A","B","C","D","E")
to_drop<-tree$tip.label[-match(reserve_tip,tree$tip.label)]
to_drop
tree_reduced<-treeio::drop.tip(tree,to_drop)
ggtree(tree_reduced)+
 geom_tiplab()
 
R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集  

 将结果保存到树文件中
treeio::write.nexus(tree_reduced,file="../../tree_reduced.nex")

“R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注创新互联网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!


网站名称:R语言中ggtree怎么从进化树中挑选子集
标题网址:http://bjjierui.cn/article/gjoiph.html

其他资讯