符合中小企业对网站设计、功能常规化式的企业展示型网站建设
本套餐主要针对企业品牌型网站、中高端设计、前端互动体验...
商城网站建设因基本功能的需求不同费用上面也有很大的差别...
手机微信网站开发、微信官网、微信商城网站...
前面我给大家详细介绍过
10年积累的成都网站制作、网站建设、外贸网站建设经验,可以快速应对客户对网站的新想法和需求。提供各种问题对应的解决方案。让选择我们的客户得到更好、更有力的网络服务。我虽然不认识你,你也不认识我。但先网站制作后付款的网站建设流程,更有康平免费网站建设让你可以放心的选择与我们合作。
☞GO简介及GO富集结果解读
☞四种GO富集柱形图、气泡图解读
☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图
☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图
☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
☞ GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。
dotplot这个函数,多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。
是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道
同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解
ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法:
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型
columns() :类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:
举例:
对基因的描述一般从三个层面进行:
这三个层面具体是指:
得到GO注释
做GO分析的思路:
比如,在疾病研究的时候,进行药物治疗之后某些基因的表达量明显的发生了变化,拿这些基因去做GO分析发现在Biological process过程当中集中在RNA修饰上,然后在此基础上继续进行挖掘。这个例子就是想启示大家拿到差异表达基因DEG只是一个开始,接下来就应该去做GO注释,之后需要进行一个分析看这些注释主要集中在哪个地方。假如我们有100个差异表达基因其中有99个都集中在细胞核里,那我们通过GO分析就得到了一个显著的分布。
GO富集分析原理:
有一个term注释了100个差异表达基因参与了哪个过程,注释完之后(模式生物都有现成的注释包,不用我们自己注释),计算相对于背景它是否显著集中在某条通路、某一个细胞学定位、某一种生物学功能。
clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GO和KEGG的富集分析,而且可视化功能非常的优秀,本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。
进行GO分析时,需要考虑的一个基础因素就是基因的GO注释信息从何处获取。Bioconductor上提供了以下19个物种的Org类型的包,包含了这些物种的GO注释信息
对于以上19个物种,只需要安装对应的org包,clusterProfile就会自动从中获取GO注释信息,我们只需要差异基因的列表就可以了,使用起来非常方便。
1.1 准备输入数据
待分析的数据就是一串基因名称了,可以是ensembl id、entrze id或者symbol id等类型都可以。把基因名称以一列的形式排开,放在一个文本文件中(例如命名“gene.txt”)。Excel中查看,就是如下示例这种样式。
1.3 GO富集分析
加载了注释库之后,读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichGO()即可完成GO富集分析。
读取基因列表文件,并使用clusterProfiler的内部函数enrichKEGG()即可完成KEGG富集分析。
此外,clusterProfiler中也额外提供了一系列的可视化方案用于展示本次富集分析结果,具有极大的便利。
参考:
;utm_medium=timeline