MYSQL_OPT_READ_TIMEOUT 是 MySQL c api 客户端中用来设置读取超时时间的参数。在 MySQL 的官方文档中，该参数的描述是这样的：
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MYSQL_OPT_READ_TIMEOUT (argument type: unsigned int *)The timeout in seconds for each attempt to read from the server. There are retries if necessary, so the total effective timeout value is three times the option value. You can set the value so that a lost connection can be detected earlier than the TCP/IPClose_Wait_Timeout value of 10 minutes.
也就是说在需要的时候，实际的超时时间会是设定值的 3 倍。但是实际测试后发现实际的超时时间和设置的超时时间一致。
而具体什么时候发生三倍超时，在文档中没有找到。所以对 MySQL 5.7.20 的源码进行了一些分析。
使用 GDB 调试代码找了实际与 mysql server 通信的代码，如下：
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其中 vio_read() 函数中，使用 recv 和 poll 来读取报文和做读取超时。net_should_retry() 函数只有在发生 EINTR 时才会返回 true。从这段代码来看是符合测试结果的，并没有对读取进行三次重试。只有在读取操作被系统中断打断时才会重试，但是这个重试并没有次数限制。
从上面代码的分析可以看出，代码的逻辑和文档的描述不符。于是在一顿搜索后，找到了一个 MySQL 的 BUG(Bug #31163)。该 BUG 报告了在 MySQL 5.0 中，MySQL c api 读取的实际超时时间是设置的三倍，与现有文档描述相符。于是对 MySQL 5.0.96 的代码又进行分析。
同样使用 GDB 找到了通信部分的代码。这次找到了重试三次的代码，如下：
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这个版本的 MySQL api 的读写超时是直接使用的 setsockopt 设置的。第一次循环，在 A 点发生了第一次超时（虽然注释写的非阻塞，但是客户端的连接始终是阻塞模式的）。然后在 B 点将该 socket 设置为阻塞模式，C 点这里重置 retry 次数。由于设置了 alarm 第二次以后的循环会直接进入 D 点的这个分支，并且判断循环次数。作为客户端时net-retry_count 始终是 1，所以重试了两次，共计进行了 3 次 vioread 后从 E 点退出函数。
由上面的分析可知，MySQL 文档对于该参数的描述已经过时，现在的 MYSQL_OPT_READ_TIMEOUT 并不会出现三倍超时的问题。而 Bug #31163 中的处理结果也是将文档中该参数的描述更新为实际读取超时时间是设定时间的三倍。也许是 MySQL 的维护者们在后续版本更新时忘记更新文档吧。
经 过这样处理后，可以非常有效的解决MySQL server has gone away这样的问题，而且不会对系统造成额外的开销。 今天遇到类似的情景，MySQL只是冷冷的说：MySQL server has gone away。 大概浏览了一下，主要可能是因为以下几种原因： 一种可能是发送的SQL语句太长，以致超过了max_allowed_packet的大小，如果是这种原因，你只要修改my.cnf，加大max_allowed_packet的值即可。 还有一种可能是因为某些原因导致超时，比如说程序中获取数据库连接时采用了Singleton的做法，虽然多次连接数据库，但其实使用的都是同一个连接，而且程序中某两次操作数据库的间隔时间超过了wait_timeout（SHOW STATUS能看到此设置），那么就可能出现问题。最简单的处理方式就是把wait_timeout改大，当然你也可以在程序里时不时顺手mysql_ping()一下，这样MySQL就知道它不是一个人在战斗。 解决MySQL server has gone away 1、应用程序（比如PHP）长时间的执行批量的MYSQL语句。最常见的就是采集或者新旧数据转化。
对查询中经常作为查询条件的字段增加索引，比如说
select * from table1 where name like 'xxx' and create_time '2013-06-01'
这里就可以为name 和 create_time分别创建索引；
ALTER TABLE table1 ADD INDEX `ind_CreateTime` (`create_time`);
ALTER TABLE table1 ADD INDEX `ind_name` (`name`);
2. 优化导致慢查询的SQL语句。可以将一条查询分解为多条小范围的查询，将结果union在一起。尽量减少在where 条件中使用 like or between等运算符
当你开始执行一个 ALTER ，而你遇到了可怕的“元数据锁定等待”，我敢肯定你一定遇见过。我最近遇到了一个案例，其中被更改的表要执行一个很小范围的更新（100行）。ALTER 在负载测试期间一直等待了几个小时。在停止负载测试后，ALTER 按预期在不到一秒的时间内就完成了。那么这里发生了什么？
检查外键
每当有奇数次锁定时，我的第一直觉就是检查外键。当然这张表有一些外键引用了一个更繁忙的表。但是这种行为似乎仍然很奇怪。对表运行 ALTER 时，会针对子表请求一个 SHARED_UPGRADEABLE 元数据锁。还有针对父级的 SHARED_READ_ONLY 元数据锁。
我们来看看如何根据文档获取元数据锁定[1]：
如果给定锁定有多个服务器，则首先满足最高优先级锁定请求，并且与 max_write_lock_count系统变量有关。写锁定请求的优先级高于读取锁定请求。
[1]：
请务必注意锁定顺序是序列化的：语句逐个获取元数据锁，而不是同时获取，并在此过程中执行死锁检测。
通常在考虑队列时考虑先进先出。如果我发出以下三个语句（按此顺序），它们将按以下顺序完成：
1. INSERT INTO parent2. ALTER TABLE child3. INSERT INTO parent
但是当子 ALTER 语句请求对父进行读取锁定时，尽管排序，但两个插入将在 ALTER 之前完成。以下是可以演示此示例的示例场景：
数据初始化：
CREATE TABLE `parent` (
`id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`val` varchar(10) DEFAULT NULL,
PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=InnoDB;
CREATE TABLE `child` (
`id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
`parent_id` int(11) DEFAULT NULL,
`val` varchar(10) DEFAULT NULL,
PRIMARY KEY (`id`),
KEY `idx_parent` (`parent_id`),
CONSTRAINT `fk_parent` FOREIGN KEY (`parent_id`) REFERENCES `parent` (`id`) ON DELETE CASCADE ON UPDATE NO ACTION
) ENGINE=InnoDB;
INSERT INTO `parent` VALUES (1, "one"), (2, "two"), (3, "three"), (4, "four");
Session 1:
start transaction;update parent set val = "four-new" where id = 4;
Session 2:
alter table child add index `idx_new` (val);
Session 3:
start transaction;update parent set val = "three-new" where id = 3;
此时，会话 1 具有打开的事务，并且处于休眠状态，并在父级上授予写入元数据锁定。 会话 2 具有在子级上授予的可升级（写入）锁定，并且正在等待父级的读取锁定。最后会话 3 具有针对父级的授权写入锁定：
mysql select * from performance_schema.metadata_locks;+-------------+-------------+-------------------+---------------+-------------+| OBJECT_TYPE | OBJECT_NAME | LOCK_TYPE | LOCK_DURATION | LOCK_STATUS |+-------------+-------------+-------------------+---------------+-------------+| TABLE | child | SHARED_UPGRADABLE | TRANSACTION | GRANTED | - ALTER (S2)| TABLE | parent | SHARED_WRITE | TRANSACTION | GRANTED | - UPDATE (S1)| TABLE | parent | SHARED_WRITE | TRANSACTION | GRANTED | - UPDATE (S3)| TABLE | parent | SHARED_READ_ONLY | STATEMENT | PENDING | - ALTER (S2)+-------------+-------------+-------------------+---------------+-------------+
请注意，具有挂起锁定状态的唯一会话是会话 2（ALTER）。会话 1 和会话 3 （分别在 ALTER 之前和之后发布）都被授予了写锁。排序失败的地方是在会话 1 上发生提交的时候。在考虑有序队列时，人们会期望会话 2 获得锁定，事情就会继续进行。但是，由于元数据锁定系统的优先级性质，会话 3 具有锁定，会话 2 仍然等待。
如果另一个写入会话进入并启动新事务并获取针对父表的写锁定，则即使会话 3 完成，ALTER 仍将被阻止。
只要我保持一个对父表打开元数据锁定的活动事务，子表上的 ALTER 将永远不会完成。更糟糕的是，由于子表上的写锁定成功（但是完整语句正在等待获取父读锁定），所以针对子表的所有传入读取请求都将被阻止！
另外，请考虑一下您通常如何对无法完成的语句进行故障排除。您查看已经打开较长时间的事务（在进程列表和 InnoDB 状态中）。但由于阻塞线程现在比 ALTER 线程更年轻，因此您将看到的最旧的事务/线程是 ALTER 。
这正是这种情况下发生的情况。在准备发布时，我们的客户端正在运行 ALTER 语句并结合负载测试（一种非常好的做法！）以确保顺利发布。问题是负载测试保持对父表打开一个活动的写事务。这并不是说它只是一直在写，而是有多个线程，一个总是活跃的。 这阻止了 ALTER 完成并阻止对相对静态的子表的随后的读请求。
幸运的是，这个问题有一个解决方案（除了从设计模式中驱逐外键）。变量 max_write_lock_count[2] 可用于允许在写入锁定之后在读取锁定之前授予读取锁定连续写锁。默认情况下，此变量设置为 18446744073709551615，如果你对该表发出 10,000 次写入/秒，那么你的读将被锁定 5800 万年……
用Fsocket获取数据时能够控制超时的。
如果用
File_get_contents($url);
可以临时设定环境变量：
设定默认socket超时时间
ini_set("default_socket_timeout", 3);养成好习惯，使用fsocket获取数据。
如果使用Curl，也可以在Curl中控制超时时间：
curl_setopt($ch, CURLOPT_TIMEOUT, 15);
PHP中mysql函数是不提供类似mysql超时选项的，但是php.ini的mysql.connect_timeout可设置
; Maximum time (in seconds) for connect timeout. -1 means nolimit
mysql.connect_timeout = 60
也可以在php脚本中调用设置ini_set();
第一种途径使用命令行set
@@GLOBAL.wait_timeout=1814400
这种方式是一种临时方法，重启服务就会返回默认值了。
第二种途径修改my.ini配置文件
[mysqld]
wait_timeout=31536000
interactive_timeout=31536000
在mysqld下面添加以上两行，后面的数字是时间
首先服务中找到mysql，然后右键属性，在可执行文件的路径中，使劲向后拖动鼠标就可以看到my.ini的文件了
