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怎么安装托管在GitHub的R包

本篇内容介绍了“怎么安装托管在GitHub的R包”的有关知识,在实际案例的操作过程中,不少人都会遇到这样的困境,接下来就让小编带领大家学习一下如何处理这些情况吧!希望大家仔细阅读,能够学有所成!

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第一步 从github下载安装包(git bash命令行下载):

这个其实就需要想办法了,因为使用git bash命令行下载仍然是从github下载,如果网速超级烂,其实也不可行。这个包好几百个M,可以使用https://gitee.com/作为中转站:

#因为是在个人笔记本上操作,所以采用git bash命令行下载
git clone https://github.com/GreenleafLab/ArchR.git
   
第二步 在R里面安装

原教程如下所示

怎么安装托管在GitHub的R包


 

敲入代码:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("nabor","motifmatchr","chromVAR","ComplexHeatmap"))#依赖包的安装
install.packages("./ArchR/",repos = NULL)
 

首先发现报错:

怎么安装托管在GitHub的R包

第一次报错

看报错信息,应该是参数设置出现冲突,于是尝试将该参数去掉是否可行**(有点盲目,不可取)**

PS:其实这个时候学员的问题是,并没有在下载ArchR-master.zip的文件夹打开rstudio,就是没有工作环境的概念,相对路径和绝对路径不清楚。

结果出现新的报错:

怎么安装托管在GitHub的R包

第二次报错

回顾培训班的R包安装知识,这个报错可能是由于安装包名称错误或安装命令错误。因为第一次尝试本地安装,没有经验,所以将问题放到了交流群里。非常开心群里助教老师马上指出我的是命令错误,他建议我本地安装,尝试install_local命令,于是:

devtools::install_local("C:/Users/大米/Desktop/ArchR-master/ArchR-master.zip")
 

结果又报了新的错误:

怎么安装托管在GitHub的R包

第三次报错

看报错信息是依赖包安装过程中出现错误,无法写入C:/Program Files/R/R-3.6.1/library路径??有点懵逼。最后的报错的“非零退出”错误,google了一下也有很多种可能性,陷入迷茫。。。

PS :这个时候的无法写入,通常是文件夹权限问题,如果没有使用系统管理员权限打开R,就会遇到这样的麻烦,或者安装包的时候,可以指定安装路径。

于是转回最初,希望解决一开始的install.packages参数设置问题。综合网上的教程,尝试了新方法:

install.packages("C:/Users/大米/Desktop/ArchR-master/ArchR/",repos = NULL, type="source")

Bingo!

这里两个参数均很重要!路径也可以用Tab键补全,以减少错误。 

注意

本地安装很多时候无法成功,是因为R包之间的依赖性很强,所以学会看报错信息,会提示有什么包未安装,则先安装依赖的包再继续

看到有方法可以查看某个包的依赖包,就是getDependencies函数

install.packages("gtools")
library(gtools)
getDependencies("ArchR")
 

但这个方法对于像ArchR这样刚开发出来的包并不适用,还是得学会看报错信息。 

“怎么安装托管在GitHub的R包”的内容就介绍到这里了,感谢大家的阅读。如果想了解更多行业相关的知识可以关注创新互联网站,小编将为大家输出更多高质量的实用文章!


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