网创优客建站品牌官网
为成都网站建设公司企业提供高品质网站建设
热线:028-86922220
成都专业网站建设公司

定制建站费用3500元

符合中小企业对网站设计、功能常规化式的企业展示型网站建设

成都品牌网站建设

品牌网站建设费用6000元

本套餐主要针对企业品牌型网站、中高端设计、前端互动体验...

成都商城网站建设

商城网站建设费用8000元

商城网站建设因基本功能的需求不同费用上面也有很大的差别...

成都微信网站建设

手机微信网站建站3000元

手机微信网站开发、微信官网、微信商城网站...

建站知识

当前位置:首页 > 建站知识

如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组

本篇内容主要讲解“如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组”,感兴趣的朋友不妨来看看。本文介绍的方法操作简单快捷,实用性强。下面就让小编来带大家学习“如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组”吧!

为万荣等地区用户提供了全套网页设计制作服务,及万荣网站建设行业解决方案。主营业务为成都做网站、成都网站制作、万荣网站设计,以传统方式定制建设网站,并提供域名空间备案等一条龙服务,秉承以专业、用心的态度为用户提供真诚的服务。我们深信只要达到每一位用户的要求,就会得到认可,从而选择与我们长期合作。这样,我们也可以走得更远!

现在做植物的叶绿体基因组基本上都是直接以新鲜叶片做材料,提取总DNA测序,构建二代测序文库,然后利用现成的软件组装叶绿体基因组,省去了提取叶绿体的步骤

利用总DNA测序的数据组装叶绿体基因组的软件很多,有一篇综述介绍这些工具

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02153-6如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组

今天这篇推文我使用 GetOrganelle 这个软件,软件的Github链接 https://github.com/Kinggerm/GetOrganelle

对应的论文

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-02154-5如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组

软件的github主页对软件的使用方法介绍的很详细,这款软件是昆明植物所的老师开发的,还开设了qq群进行答疑,qq群号在gitbub的主页末尾可以看到

安装直接使用conda,非常容易

conda install -c bioconda getorganelle

想要在linux系统下使用conda命令需要安装miniconda或者Anaconda3,我之前录制过一期视频介绍linux系统安装 Anaconda3,不熟悉的可以找来看看 https://www.bilibili.com/video/BV1Ft4y1e7w2

软件安装好以后还得下载参考基因组,运行如下命令如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组

组装用到的命令是get_organelle_from_reads.py,使用到的参数有

  • -1 -2 分别制定双端测序数据的路径

  • -o 制定输出文件的文件名

  • -R -k 具体是什么意思我还不知道,-R按照帮助文档直接设置15应该就可以,-k后面接的数字也可以按照他帮助文档的来设置,现在双端测序通常是150bp,这个-k参数直接设置105和121就可以,这个数字少一点,速度应该会快一点。

  • -F 指定参考,如果是叶绿体基因组后面直接跟 embplant_pt 就可以

因为叶绿体基因组的拷贝数高,基本上2G的数据量就够组装得到完整基因组用的了。所以直接用head命令取全基因组测序数据的前2千万行就够了

head -n 20000000 data_R1.fastq > R1.fastq
head -n 20000000 data_R2.fastq > R2.fastq

最后是组装

get_organelle_from_reads.py -1 R1.fastq -2 R2.fq -o plastome_output -R 15 -k 105,121 -F embplant_pt

如果组装成功最后会得到两条序列,这两条序列差别在小单拷贝区方向不同,我自己的处理方式是选一些近缘的参考叶绿体基因组来构建进化树,去掉枝长明显过长的那一个。

到此,相信大家对“如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组”有了更深的了解,不妨来实际操作一番吧!这里是创新互联网站,更多相关内容可以进入相关频道进行查询,关注我们,继续学习!


新闻标题:如何使用GetOrganelle软件组装叶绿体基因组
当前网址:http://bjjierui.cn/article/pjeopd.html

其他资讯