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lncRNA在基因表达调控中发挥重要作用,研究lncRNA调控的靶基因,有两种研究策略,一种是通过传统的实验手段分析lncRNA结合的蛋白质,从而确定lncRNA与蛋白编码基因的相互作用,常用的手段有以下几种
immunoprecipitation assays
RNA pull down assays
luciferase reported assays
另外一种手段就是通过敲低或者过表达某个lncRNA, 然后检测处理前后差异表达的基因,将差异表达的基因作为该lncRNA的靶基因, 通过芯片或者高通量测序都可以。
LncRNA2Target数据库收集整理了已经发表的lncRNA靶基因数据,最新版本为v2.0, 网址如下
http://123.59.132.21/lncrna2target/index.jsp
涵盖了人和小鼠中的lncRNA靶基因,通过Browse
菜单,可以查看对应的结果,示意如下
通过Search
菜单,可以方便的检索数据库,示意如下
该数据库提供了下载功能,分别提供了传统实验和高通量两种手段分析的lncRNA靶基因文件,对应以下 两个文件
lncRNA_target_from_low_throughput_experiments.xlsx
lncRNA_target_from_high_throughput_experiments.txt
对于高通量数据,还给出了对应的GEO编号,表达谱数据和差异分析的结果,示意如下
通过该数据库,不仅可以查询lncRNA的靶基因信息,还学到了研究lncRNA靶基因的思路。
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